Não há diferença real entre a versão do servidor e da área de trabalho, apesar do conjunto de pacotes estar instalado.
Existe um meta-pacote chamado "ubuntu-desktop", trazendo todos os pacotes instalados com o Ubuntu Desktop. Há também meta-pacotes para o Kubuntu, Edubuntu, Lubuntu e Xubuntu disponíveis nos repositórios padrão.
Apenas use um tutorial para o servidor Ubuntu e adicione este pacote ao seu arquivo kickstart em vez de pacotes relacionados ao servidor (existem outros meta-pacotes como o "openssh-server" sendo instalados dependendo de quais serviços são escolhidos durante a instalação). Se nenhum for escolhido (ou listado no arquivo kickstart), você terá um sistema Ubuntu mínimo sem nada.
Exemplo da parte relevante no arquivo Preseed:
### Package selection
tasksel tasksel/first multiselect ubuntu-desktop
#tasksel tasksel/first multiselect lamp-server, print-server
#tasksel tasksel/first multiselect kubuntu-desktop
Exemplo de arquivo encontrado aqui
mesmo para o arquivo Kickstart:
%packages
ubuntu-desktop
Não use @ubuntu-desktop, o que significa instalar um grupo de pacotes, mas no deb-world um grupo de pacotes é um meta-pacote que puxa outros pacotes como dependências.