Primeiro, feche todas as janelas do Windows Explorer, abra-as novamente e tente renomear uma dessas pastas com problemas. Se isso não funcionar (normalmente será), reinicializar seu sistema permitirá que você comece a renomear suas pastas novamente.
O que você não afirmou foi se as pastas que você estava renomeando estavam em seu computador local ou em um servidor. Se eles estiverem em um servidor, talvez seja necessário entrar em contato com um administrador para obter ajuda.
Justificativa: O Windows armazenou em cache o fato de que um usuário (você) ainda está usando as pastas, mesmo que você não esteja nelas. É uma casualidade de como funciona o Windoze. Eu me deparo com isso o tempo todo em meus sistemas.