A falha pode estar no próprio dispositivo USB. De um PC eu copiei um diretório de algumas dúzias de arquivos de 1GB para o pendrive, levei-o para um segundo PC, liguei-o e vi apenas o diretório vazio, sem os arquivos. O mesmo sintoma do CD player, mas sem usar o CD player. Vou repetir isso com outros pen drives do mesmo lote. Se a falha ocorrer novamente, então esta é a resposta provável.
Editar: pen drive USB com defeito. Depois de ouvir falhas de áudio nos arquivos mp3 não-desaparecidos, eu os comparei aos originais com link . Cerca de 15% continham um bloco de 1024 bytes com algumas dúzias de bits invertidos. Pouquíssimos arquivos tinham mais de um desses blocos. Eu só posso presumir que corrupção semelhante é o que esvazia alguns diretórios.
Um pendrive mais caro não mostrou essa falha após várias tentativas, enquanto as originais mostraram a falha toda vez.