Eu uso uma placa gráfica nvidia com vários monitores no ubuntu 14.04. No entanto, é extremamente frustrante de usar, porque se eu tiver qualquer coisa aberta em tela cheia em um monitor, a unidade sempre aparecerá no topo desse aplicativo.
Esse problema só ocorre se eu estiver usando 3 monitores com um dos monitores usando a opção clone. Minha configuração típica é de dois monitores e uma TV conectada via HDMI clonando a saída de um dos dois monitores.
Se eu adicionar a TV como uma exibição separada em vez de clonar uma existente, o problema desaparece.
Eu experimentei o suporte Legacy fullscreen nas configurações do Compiz, mas o problema ainda persiste ...