Como eu poderia fazer o alt-shift ignorar a (s) linguagem (s) raramente usada (s)?
Eu diria que você não pode. O sistema não conta os layouts de teclado usados para determinar com que frequência ele é usado.
Então, novamente, torna-se possível se você mudar a questão para ....
Como pular a (s) língua (s) raramente usada (s)?
Em seguida, a resposta seria: usando outra combinação de teclas e alterando essa combinação de teclas para alternar entre os dois lay-outs que você deseja alternar.
Os layouts são numerados de 0. Assim, o primeiro e o segundo layouts são ativados com respectivamente ...
$ gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 0
$ gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 1
(ou "2" se você, no seu caso, precisar do terceiro teclado).
Isso levará até 2 chaves: você pode adicionar um a uma tecla como control + P e o outro para controlar + O. Se você quer que esta seja uma chave, você precisa mudar 0 em
$ gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 0
para uma variável que alterna o 0 para 1 e 1 para 0.
Esse seria esse comando:
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current $(($(gsettings get org.gnome.desktop.input-sources sources | grep -Po "'[[:alpha:]]+'\)" | wc -l)-1))
Isso permitiria usar uma tecla e torná-la uma alternância.