Eu sou o criador do Hyperbox e só vejo sua pergunta agora. Não esperava que as pessoas perguntassem aqui!
Para responder à sua pergunta: a falta no documento é que, no Windows, você também precisa iniciar o servidor VirtualBox WebServices para que o Hyperbox possa se conectar a ele. Se você já tem um usuário com VMs que deseja gerenciar, você precisa iniciá-lo com esse usuário (eu diria que você está aqui).
Abra um aviso e:
cd C:\Program Files\Oracle\VirtualBox
vboxwebsrv -A null
Em seguida, no cliente Hyperbox, volte para a caixa de diálogo na captura de tela, selecione "Oracle VirtualBox - vbox-x.y-ws" e conecte-se. x e y representa sua versão do VirtualBox. A versão mais recente (0.12) suporta 4.2, 4.3 e 5.0.
A conexão via WebServices leva vários segundos e você deve ver uma tarefa aparecer na lista inferior da janela principal. Você também deve ver alguma atividade no prompt de comando em que o serviço da Web está sendo executado. Uma vez conectado com sucesso, o ícone do servidor no painel esquerdo ficará verde e as VMs serão listadas se você tiver alguma registrada sob esse usuário.
A próxima versão (0.13), que deve sair em janeiro de 2016, criará automaticamente o seu próprio processo de webservices e fornecerá uma melhor apresentação dos hipervisores disponíveis!