Você pode usar as opções de linha de comando do VLC:
Windows:
c:\ProgramFiles\VideoLAN\VLC.EXE --audio-track 1 VIDEO.MKV
OS X:
/Applications/VLC.app/Contents/MacOS/VLC --audio-track 1 VIDEO.MKV
opção --audio-track x
em que x = [0..n]
(começando com zero)