Se você puder controlar os parâmetros de inicialização para o servidor MySQL, não haverá nada que o impeça de alterar a porta padrão para algo acessível através dos firewalls.
No entanto, você deve estar se perguntando seriamente se a segurança existente pode estar lá por um motivo. Se nada mais, você poderia facilmente acabar sem um emprego (ou pior em alguns setores regulamentados), pois isso poderia ser visto como ignorando a segurança corporativa. Certamente eu teria uma visão muito obscura disso no meu papel.
Você também deve estar se perguntando como esse acordo pode ser suportável. O que acontece quando você sair, alguém será capaz de descobrir como as coisas funcionam ou por quê?
Há muito mais na TI do que apenas criar algo sem considerar as conseqüências.