É provável que suas opções para a ferramenta de seleção Retângulo estejam presas em algum modo diferente de "Substituir a seleção atual" (e como as opções de ferramentas são armazenadas por usuário, elas podem estar sobrevivendo a reinstalações de programas).
Basta verificar as opções da ferramenta para a ferramenta de seleção de retângulo (clique duas vezes no ícone de seleção de retângulo se as opções da ferramenta não estiverem visíveis) e certifique-se de que a primeira opção "Modo" esteja definida como "Substituir a seleção atual ".
Existe outra maneira de verificar o que está acontecendo (e você pode precisar se o problema persistir) - depois de executar "colar", marque a caixa de diálogo Camadas (pressione ctrl + L
se não estiver visível) e certifique-se de tem uma camada "background" e uma "seleção flutuante".
Outra causa do seu problema pode ser que você está, por algum motivo, ancorando consistentemente a seleção flutuante depois de executar o Colar. (para que isso aconteça, basta clicar na imagem fora da área colada). Para evitar isso, antes de tentar qualquer ação na imagem, depois de colar, selecione o comando Layer->To New Layer
nos menus: isso promoverá o conteúdo colado em uma camada completa que não pode ser "mesclada ao bacjground" por acaso. (mais uma vez, observe o diálogo da camada para entender melhor o que está acontecendo)