Verifique onde está o local dos seus dados (normalmente é / var / lib / owncloud / data) e depois de criar a partição e o sistema de arquivos monte o novo sistema de arquivos lá. Não esqueça de copiar os arquivos existentes para o novo sistema de arquivos. No config.php você tem uma linha como
'datadirectory' => '/var/lib/owncloud/data',
que apontam para o diretório de dados