No Linux, você pode converter facilmente para e de wav . Mpg123 (ou mpg321 ) pode converter para wav adicionando a opção -w out.wav . Lame é um exemplo popular para o inverso: wav para mp3.
A edição do próprio áudio pode, de novo, ser feita de várias maneiras. Um editor de áudio muito capaz é o snd , que está disponível aqui .
Observação: snd pode até carregar, editar e salvar mp3 arquivos diretamente. Parece que me lembro de ter alguns problemas embora. Várias versões mais recentes apareceram, o que poderia ter sido resolvido.