Parece que sim, isso pode ser feito, estou fazendo em PHP no download, simplesmente echo seus dados adicionais junto com seu arquivo e que os dados podem ser lidos pelo instalador NSIS sem recompilar seu aplicativo sem corromper o binário
echo "mydata: olá, mundo" > > installer.exe também funciona (em qualquer sistema operacional) adiciona a função incluída no wiki ao seu script nsis e usa algo parecido para chamar a função e ler os dados:
Push "mydata:"
Call ReadCustomerData
Pop $R1
StrCmp $R1 "" 0 +3
MessageBox MB_OK "No data found"
Abort
MessageBox MB_OK "Customer data: '$R1'"