Por alguma razão, a Microsoft empurrou O desktop do Skype para Windows foi lançado como uma atualização opcional em março para o Vista, o Windows 7 e o Windows 8.1. Não sei por que você o instalou, a menos que você o tenha selecionado deliberadamente. Se você estivesse feliz com o Store App, poderia ter ocultado a atualização.
Não há problema em ter ambos instalados, embora a tentativa de executá-los simultaneamente possa ser problemática.
Armazenar aplicativos não são atualizados pela atualização do Windows. Eles se atualizam em segundo plano através de um processo diferente.