FTP é um protocolo para transferir arquivos, não diretórios / pastas. Portanto, não, o FTP no IIS não suporta o download direto de pastas.
Isso realmente não importa, porque a maioria dos clientes FTP modernos só faz isso para você de qualquer maneira.
Aponte FileZilla para um site FTP do IIS e arraste uma pasta do site remoto para o disco local, que funciona muito bem. O cliente apenas cria todas as pastas necessárias e faz o download de cada arquivo contendo individualmente, então, para o usuário, parece que ela baixou apenas uma pasta.