Durante a instalação, você tem um menu de partições e, em algum momento, cria a partição para a qual deseja instalar o Windows, certo? Tanto quanto me lembro, no ponto em que você cria a partição "C:", o "sistema reservado" também é criado e você pode vê-lo no menu. Se você agora excluir ambas as partições e criar um novo "C:", nenhum "sistema reservado" será exibido. Lembro-me disso nas instalações do Windows 7, mas não tenho certeza se isso ainda é válido para o Windows 8.1. Além disso, você pode considerar desconectar as duas outras unidades durante a instalação ou talvez desativá-las na BIOS para garantir que tudo seja instalado no SSD.
Boa sorte!