As configurações do microfone estão definidas para "O que você ouve". Seja nas configurações do Windows (Ajustável clicando com o botão direito no ícone da bandeja do sistema de volume e indo para "Dispositivos de Gravação") ou nas configurações do Skypes (não tenho o Skype instalado no momento, mas se você procurar nas configurações, eles tem uma opção semelhante).
Altere-as para o seu microfone, em vez de "O que você ouve" e estará em atividade.