Bem, não encontrei resposta para isso. Então atualizei para uma versão mais nova do Tomcat e o uso da CPU voltou ao normal. Ou foi algum problema de configuração ou um bug.
Eu tive uma consulta sobre o uso da CPU do Tomcat, estou usando para aplicativos J2EE. Ao experimentar implantações de aplicativos no Tomcat, vejo que o número de aplicativos implementados é diretamente proporcional ao uso da CPU do processo do tomcat. É justo dizer que depende do número de aplicativos implantados no diretório / webapps do Tomcat?