Depois de muito googling e tentativa-e-erro, encontrei a solução em esta longa discussão . Resumo:
O Informix tenta exibir uma campainha visual, mas, em vez de usar o código BEL (que é bel=^G no arquivo terminfo para xterm ), ele usa flash (que é flash=E[?5h$<100/>\E[?5l no terminfo arquivo para xterm ).
Não tenho certeza se esse é um bug do PuTTY (ele sabe sobre sinos visuais, mas talvez não sobre telas piscantes) ou um bug no Informix que faz o flash "parar no meio do caminho" e não voltar atrás.
Para corrigir o problema, descompilei o arquivo terminfo em termcap code:
infocmp xterm > xterm.decompiled
Este arquivo original veio de /lib/terminfo/x/ . Então eu removi a entrada correspondente em xterm.decompiled :
flash=E[?5h$<100/>\E[?5l # remove this entry
E finalmente recompilou o arquivo com
tic -s xterm.decompiled
que caiu em /etc/terminfo/x/xterm . Depois de entrar no terminal, o problema desapareceu, porque agora meu terminal não sabe sobre a tela piscar.