cada test.sh chamado pelo cron é um novo processo, então a variável environnement é descartada.
Tente
# test.sh
JOB_COUNTER=$(< $HOME/jobcounter.txt )
JOB_COUNTER=$((JOB_COUNTER + 1))
echo $JOB_COUNTER > $HOME/jobcounter.txt
echo $JOB_COUNTER
# JOB_COUNTER can be used here
Cuidado que você não pode usar o JOB_COUNTER chamando o shell a menos que o test.sh seja originado ( . ./test.sh
)
você terá que inicializar e redefinir $HOME/jobcounter.txt