A menos que você use hardware upstream para proxy, não, um aplicativo escolhe seus proxies, não o SO.
Dito isto, você deve ser capaz de configurar o java para usar um proxy de rede no applet configure Java
(pesquise no menu Iniciar se estiver no Windows), em "Configurações de Rede". Se o applet que você está executando, no entanto, ignorar especificamente as configurações de proxy java e navegador, você não será capaz de forçá-lo a honrá-las, a menos que você faça upstream.