Eu não sei de nenhuma maneira de obter o apt-get para instalar na memória externa. O link simbólico individual parece ser o melhor caminho a percorrer, embora um pouco tedioso (talvez você possa escrever um script bash para fazer isso para você?). Quanto ao formato, eu recomendaria o ext4, mas definitivamente não o NTFS ou o FAT, aqueles dão um desempenho ruim e, às vezes, erros de leitura / gravação no linux.