Todo componente mecânico se desgastará quanto mais for usado. Hoje em dia existem unidades projetadas para nunca girar e acionam o design para girar com frequência, portanto, a resposta depende do tipo de HDD que você possui. HDDs externos geralmente não são projetados para uso 24 horas por dia, 7 dias por semana, e eu conectaria a unidade somente ao fazer o backup.