Obrigado por todas as respostas!
Meus clientes são todos do SMB, então eu acho que a solução é apenas permitir caixas de correio do Exchange maiores e educar os usuários para NÃO arquivar, já que lidar com arquivos de arquivos não parece ser nada além de um aborrecimento. Alguém mencionou o aumento do tamanho das caixas de correio nos comentários.
Um aplicativo de terceiros parece ser a única aposta para contas de e-mail do Archives for Pop. A menos que alguém tenha uma alternativa embora?