Em primeiro lugar, o Webmin está focado no Linux ao invés do Windows, eu duvido que funcionaria.
Para responder à questão principal, a maneira de fazer isso é configurar seu próprio servidor da Web que pode executar comandos nativos.
A maioria dos servidores web padrão permite que você configure isso usando scripts CGI, mas isso não é seguro, pois vem dos primórdios da web.
Melhor é usar uma linguagem que permita o seu próprio servidor web. As linguagens PERL e PYTHON tornam isso bastante fácil, mas sem dúvida, o Node.JS é o método mais fácil. Se você quiser um exemplo de como fazer isso, eu tenho uma solução parcial definida no GitHub chamada noderunner .
O Node.JS é executado bem no Windows e na maioria das outras plataformas e possui bibliotecas principais que permitem que você execute comandos nativos. No meu caso, PowerShell, mas eles podem ser Batch qualquer outra coisa.