a versão "terminal" e a versão "GUI" provavelmente avaliam diferentes scripts durante a inicialização. Para encontrar as diferenças que você pode
- inicie o MacVim
- inicie o vi no terminal
- execute
:scriptnames
em ambos para obter uma lista de scripts de inicialização - compare as duas saídas
O mapeamento CMD + SHIFT + N provavelmente é feito em um dos scripts que são avaliados quando o MacVim é iniciado, mas não quando o vi / vim é iniciado a partir do terminal