A tecla FN nos notebooks é possivelmente uma das chaves mais difíceis de remapear. No entanto, ainda pode ser hotkey'ed se ele gera um evento do windows.
Veja a documentação do AutoHotKey em "Chaves especiais" na parte inferior desta página. link
O que também sugere maneiras de reconfigurar a função da chave, se não for uma chave de evento da janela.
Veja também algum código de usuário aqui: link