Você está olhando para o tema "Alto contraste". Procure a opção em gnome-control-center
em "Acessibilidade".
Se isso não ajudar:
rm -f ~/.config/gtk-3.0/settings.ini
dconf reset -f /org/gnome/desktop/a11y/
dconf reset -f /org/gnome/desktop/interface/
... deve redefinir todas as configurações de aparência para os padrões.
(Além disso, certifique-se de ter o tema Adwaita padrão instalado. Ele deve existir em /usr/share/themes/Adwaita
.)