Você só precisa adicionar uma instrução condicional para verificar se o intervalo está em branco.
Myvar:=5
F1::
xl:=comobjactive("excel.application")
While (xl.range("i" . myvar).Value <> "") {
myvar++
}
xl.range("i" . myvar).select()
myvar++
Send, {CTRLDOWN}v{CTRLUP}
return