Como você está especificando o PDFx-1a, é necessário converter o arquivo transparente de origem em CMYK. As cores exatas nunca são bem reproduzidas com transparência e o formato x-1a (aplicado corretamente) impede a presença de cores exatas. Redefinir todos os seus avisos do Illustrator e o aplicativo lhe dirá isso. Quando você converter seu ponto em CMYK, observe se ele muda, dependendo da biblioteca de amostras, cerca de 5% mais escuro.