Que tal apenas:
mv ./*/*.pdf .
Eu fiz um teste no meu computador (zsh 5.0.7 (x86_64-pc-linux-gnu)) e funcionou perfeitamente:
> ls -r *
sub3:
r.2 r.1
sub2:
s.2 s.1
sub1:
t.2 t.1
> mv ./*/*.pdf .
> ls
r.1 r.2 s.1 s.2 sub1 sub2 sub3 t.1 t.2
> tree
.
├── r.1
├── r.2
├── s.1
├── s.2
├── sub1
├── sub2
├── sub3
├── t.1
└── t.2