Pelo que entendi na sua pergunta, você quer usar as palavras em ref.txt como critério de pesquisa, de modo que, se você tiver um arquivo abc.txt que contenha essas palavras, as linhas contendo as palavras serão retornadas em um arquivo done.txt. Isso pode ser feito simplesmente em cmd.exe de uma das poucas maneiras.
findstr /g:ref.txt abc.txt > done.txt
A solução acima retornaria qualquer linha que contivesse qualquer uma das palavras (mesmo se elas estivessem em uma frase ou parte de outra palavra, como hi e high), mas não seriam insensíveis a maiúsculas e minúsculas.
/R - Use regex
/I - Case insensitive search
/B - Match at the beginning of the line only
/E - Match at the end of the line only
Então, se você quisesse apenas combinar palavras no arquivo e não corresponder a uma palavra na frase, você poderia fazer
findstr /BE /g:ref.txt abc.txt > done.txt