(O problema aqui pode ser qualquer um de literalmente dúzias de programas, então esta resposta não será conclusiva, mas deve dizer-lhe como descobrir qual é o problema.)
Esse contador de "uso de disco" não se refere a quão cheio o disco está, é como ele está ocupado. 100% ocupado por 15 minutos é definitivamente excessivo.
Na guia Desempenho do Gerenciador de Tarefas, clique em "Abrir Monitor de Recursos". Nesse visor, clique na guia "Disco". Isso deve mostrar quais processos estão atingindo o disco e quais arquivos estão sendo acessados. Isso deve dizer quais programas são os culpados.
Como isso é claramente algo que está acontecendo no momento da inicialização, você pode usar a ferramenta "Autoruns" do sysinternals.com para investigar tudo o que está definido para iniciar quando você inicializa ou quando você faz login.
Um passo de diagnóstico interessante para esses problemas é criar outra conta de usuário e ver se o mesmo problema acontece lá. Se isso não acontecer, o problema é algo que está configurado para iniciar quando você efetua login (as configurações por usuário). O Autoruns fará a distinção entre os programas de inicialização por usuário e por todo o sistema.