Se você colocar um arquivo PDF no InDesign, ele exportará todo o conteúdo desse arquivo em PDF, independentemente de você cortar ou recortar o InDesign ou alterar as configurações nas telas de exportação para o Acrobat. Na minha opinião, a melhor maneira é decidir em qual parte do arquivo PDF original você precisa e usar a ferramenta de instantâneo PDF. Você pode colocar o instantâneo no InDesign. Agora, ele exportará apenas o que está incluído no quadro.