Definitivamente, é possível configurá-lo praticamente da mesma maneira (disco eSATA no qual eu instalei o Ubuntu). Eu tive problemas semelhantes - o instalador do Ubuntu estava inicializando no EFI, mas não conseguiu criar a partição EFI. Após a instalação, ele estava tentando inicializar via BIOS legado.
Para encurtar a história, acredito que você tenha duas maneiras - decida se está usando EFI ou inicialização herdada, escolha uma delas nas configurações e atenha-se a ela (ou mude totalmente para o modo legado ou não use o modo legado em absoluto). Menos confusão dessa maneira e facilitará as coisas durante a instalação e dual-boot também.