Truecrypt não pode excluir o arquivo de repente. Ele pode ter sido excluído acidentalmente ou foi corrompido. Uma verificação de disco para setores defeituosos / corrupção de dados determinará se o problema era dessa natureza.
Outra opção seria que o Windows o excluísse em uma limpeza de lixo, caso fosse nomeado como um arquivo temporário (name.bak, name.old, name.tmp).