De um modo geral, se você tiver software comercial, deve consultar a documentação para determinar qual executável deve ser executado para a instalação normal.
Na minha experiência, usar o recurso de execução automática de um meio de instalação (CD ou DVD) será a instalação "padrão".
Para softwares baixados, geralmente executo setup.exe
se tiver dúvidas e não conseguir encontrar documentação (na forma de um arquivo leia-me ou documentação on-line).
Mais informações:
Normalmente, alguns desses arquivos serão arquivos "internos" que fornecem aos administradores opções de linha de comando para instalar o software silenciosamente, em uma rede, usando software de gerenciamento remoto ou com propriedades especiais que diferem dos padrões.
Em alguns casos, um ou mais desses arquivos serão instaladores de um determinado ambiente de tempo de execução, plugins ou outras partes externas do pacote de aplicativos, que são fornecidos com o software.