Você não pode desativar o comportamento de aviso.
Você pode, no entanto, fazer o upload de extensões como privadas para a loja virtual e instalá-las a partir delas, sem sofrer com avisos / popups.
Você também pode ativar o modo de desenvolvedor e carregar extensões descompactadas, mas, em seguida, ele exibirá um aviso toda vez que você iniciar o Chrome.