Substituindo o endereço :: 2 no rc.conf com :: 100, e então reinicie mais uma vez.
Eu também removi a linha
rtsold_enable="YES"
Eu o removi porque o adicionei enquanto já estava com o problema.
Este é agora o meu rc.conf:
ipv6_enable="YES"
ipv6_defaultrouter="xxxx:yyyy:zzzz::1"
ipv6_ifconfig_em0="xxxx:yyyy:zzzz::100"
ipv6_ifconfig_em0_alias0="xxxx:yyyy:zzzz::106"
ipv6_ifconfig_em0_alias1="xxxx:yyyy:zzzz::107"
ipv6_static_routes="myroute1"
ipv6_route_myroute1="xxxx:yyyy:zzzz::0/64 xxxx:yyyy:zzzz::1"
Se alguém souber por que isso funciona, enquanto: 2 não, estou muito curioso.