Veja minha resposta para esta pergunta para obter informações sobre como fixar itens da barra de tarefas por meio de script.
Resposta curta é que o Windows armazena informações sobre itens de barra de tarefas fixados com blobs binários criptografados no registro para impedir que eles sejam modificados por meio de scripts. A Microsoft fez isso de propósito porque sua filosofia é que a barra de tarefas deve ser a preferência do usuário, não um lugar para os fornecedores de software anunciarem seus produtos. Obviamente, não funciona porque o Google Chrome faz isso (assim como o Firefox).
Nessa resposta, publiquei um VBScript pelo qual você pode fixar / desfazer itens. O problema na sua situação é que você não pode simplesmente modificar a ordem dos itens que já estão lá. Você só pode descomprimir tudo e, em seguida, fixá-los novamente na ordem desejada, mas isso removeria tudo o que o usuário fixou. Eu não acho que haja uma maneira de conseguir isso.