Para resolver seu problema, você precisa instalar prioridades:
yum install yum-priorities
Em seguida, edite seu /etc/yum.repos.d/remi.repo:
nano /etc/yum.repos.d/remi.repo
e adicione priority=5
ao repositório remi. Aviso: a prioridade DEVE ser 10 no repositório EPEL.
[remi-php56]
name=Remi's PHP 5.6 RPM repository for Enterprise Linux 7 - $basearch
#baseurl=http://rpms.remirepo.net/enterprise/7/php56/$basearch/
mirrorlist=http://rpms.remirepo.net/enterprise/7/php56/mirror
# NOTICE: common dependencies are in "remi-safe"
enabled=1
priority=5
gpgcheck=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-remi
, em seguida, yum update
e yum install php_mcrypt
* normalmente funciona porque vai para o reposity do remy para instalar o pacote php_mcrypt.