Esse problema também ocorre em um Retina 15 "com uma tela secundária que é configurada como uma tela acima do MBP. (Usando o Photoshop CS6)
O que acontece é que quando você move uma janela do Photoshop para a tela secundária, ela volta para a tela do MBP ou a coloca abaixo da vista na tela secundária (como se essa tela fosse muito maior do que realmente é). Quando você tenta colocá-lo em espaços, ele também fica embaixo da visualização, dificultando o acesso.
O problema pode ser resolvido reorganizando as telas, redefinindo as configurações das cores de exibição ou simplesmente desconectando e reconectando a tela.
O problema, no entanto, continua retornando regularmente.
Para mim, parece que há um problema no Photoshop com várias telas.
Até agora não encontrei uma solução permanente