Você pode tentar abrir seu PDF no Adobe Acrobat Pro e salvá-lo como PDF reduzido.
Outra coisa que você pode fazer é exportar suas composições de camada como PNGs individuais em vez de PDF. Eles não estarão no mesmo arquivo, mas existem maneiras de consolidá-los em um PDF. Se você estiver usando um Mac, A pré-visualização permite que você faça isso com facilidade .