A solução é reiniciar o gerenciador de janelas, para a minha versão do Centos 4, o Gnome 2 é o ambiente de desktop e o gerenciador de janelas padrão para o Gnome 2 é Metacity que é reiniciado assim:
DISPLAY=myMachine:XX /usr/bin/metacity --sm-client-id=default1 --replace
Quando o gerenciador de janelas é reiniciado, o mouse começa a funcionar novamente.