O Dokan SSHFS pode tornar um sistema acessível via SCP / SFTP através de uma letra de unidade do Windows. Já faz um tempo desde que eu usei.
Se o seu NAS suportar alguma forma de WebDAV sobre HTTPS, você pode tentar, mas minha experiência com ele não foi bem-sucedida.
Se você puder configurar o OpenVPN no seu NAS, poderá criptografar o tráfego do Samba ou do FTP entre você e o NAS dessa maneira.