Em vez de fixar o próprio executável, tente fixar o atalho no menu Iniciar ( C:\Users\<user name>\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Command Prompt.lnk
) Observe que a Microsoft cria o link Prompt de Comando no perfil de cada usuário, em vez de colocá-lo no perfil Todos os Usuários.
Eu uso essa técnica em minhas imagens de implantação para liberar o Windows Media Player, Explorer e IE da barra de tarefas quando novos usuários fazem login. Preciso porque o caminho para o IE é diferente em 64 bits versus 32 bits máquinas.
É estranho que fixar o executável diretamente ainda faz com que o VS seja criado, mas eu posso ver como isso poderia ter acontecido.
Outra coisa a notar é que não há nada de especial no prompt de comando do Visual Studio. Tudo o que ele faz é lançá-lo com um diretório inicial diferente e alguns diretórios extras na variável de ambiente% PATH%.