Existem alguns programas alternativos, semelhantes ao WinSCP (provavelmente) - por exemplo, gFTP
e FileZilla :
Você pode instalar ambos executando:
sudo apt-get install gftp filezilla
A GUI dos servidores do Nautilus não tem muitas opções, mas você deve poder editar as entradas executando:
gedit ~/.config/nautilus/servers