Primeiro, verifique se o arquivo /etc/apparmor.d/system_tor
existe.
Eu suponho que não, porque foi removido de alguma forma e, portanto, o aviso de que não existe mais.
/etc/apparmor.d/system_tor
é fornecido pelo pacote tor
no Ubuntu.
(veja link )
Então, basta reinstalar o tor das fontes de software oficiais e tudo deve ficar bem.