Precisa ser um PDF? Você pode abrir o primeiro PDF no PS para achatar o texto e salvar como JPEG para um tamanho de arquivo menor. Eu faço isso o tempo todo para enviar provas por e-mail.
Se você ainda quiser que seja um PDF, pode colocar o arquivo JPEG nivelado de volta no InD (ocultar todas as outras camadas) e salvar como PDF novamente. Só não se esqueça de Crop To: Trim Box, se você tiver sangramentos. Deve ser um tamanho de arquivo menor. Boa sorte!