"É possível fazer download de um arquivo que tenha o EFS habilitado e habilitar o EFS no sistema em que o arquivo está armazenado?"
Isso soa semelhante à descrição de como o vírus / trojan do CryptoLocker funciona, mas acho que ele usa sua própria criptografia esquema.
Eu tenho que dizer, sim, é possível, especialmente ao baixar arquivos desconhecidos / questionáveis para o Windows, quase tudo é possível ...