Eu experimentei exatamente o mesmo problema no meu novo processador Intel i5-4440 e na placa-mãe Intel DB85FL (4ª geração). Primeiro eu enfrentei esse problema com o Ubuntu 13.10. e subseqüentemente após a atualização para 14.04 LTS.
Eu fiz o seguinte recentemente para resolver este problema de SHUTDOWN e REBOOT automático novamente em um segundo ou dois.
Eu tenho o Intel Visual BIOS. Na inicialização, pressionei F2 > POWER > Wake On LAN da S4 / S5.
Isto tem 3 opções. 1. Fique desligado, 2. Ligar - Inicialização normal e 3. Ligar - Inicialização PXE. Meu computador foi definido como # 2, o que estava fazendo com que ele fosse REINICIALIZADO automaticamente após o SHUTDOWN. Agora mudei para a opção nº 1 mencionada acima. Agora está tudo bem.
Espero que isso funcione para você também. Muitas felicidades.